Tujuan Pesantren Mahasiswa FIRDAUS ini selaras dengan tujuan pendidikan Yayasan FIRDAUS yaitu membentuk kader-kader muslim yang memahami ajaran Islam secara paripurna serta mampu mewujudkan nilai-nilai Islam secara kaffah dalam kehidupan pribadi maupun sosial.
Secara khusus tujuan pendidikan pondok mahasiswa adalah membentuk pribadi-pribadi muslim yang beraqidah benar, berakhlak mulia, berwawasan luas, faham terhadap ajaran Islam, dan memiliki pengabdian dan dedikasi yang tinggi terhadap Islam serta peka mengantasipasi perubahan sosial.